Již od dětství byl Johann obklopen přírodou. Vyrůstal na sedlácké usedlosti s ovocným sadem a chovem včel. Od dětství cítil z přírody působení sil "tajemného" zákona, který řídí v přírodě veškeré dění. Začínal mít tušení, že může odhalit tajemství tvůrce, že mu nestačí pouze uznávat zákony a využívat je, ale pátrat po příčinách a pozadí zákonů. Již svým teologickým vzděláním tušil, že není jen jeden zákon, který vše řídí, ale je mnoho zákonů, které řídí běh přírody. V jeho tušení jej podporovali učitelé všech škol, kterými procházel (farář Schreiber, učitel Hynčické školy Thomas Mikitta, ředitel opavského gymnázia a augustiniánský mnich Schaumann, Profesor Franz z Olomoucké univerzity, ...).
Filozofie experimentů
Mendel jako neznámý badatel byl veden jednou velkou myšlenkou, že se vlastnosti dědí podle pravidla „buď vše nebo nic“. Tato myšlenka jej napadla, i když se obecně myslelo, že křížením vznikají jedinci s vlastnostmi s průměrnou hodnotou obou rodičů – teorie míšení (kterou se zabýval i Charles Darwin). Všechny dědičné znaky by se podle této teorie stále více "průměrovaly" až by nakonec na světě byli všichni lidé (a organizmy obecně) úplně stejní - zprůměrovaní (a to by se týkalo i pohlaví!; a jak by docházelo k evoluci?). Při pokusech v klášterní zahradě přišel na myšlenku, že sám znak není rozhodující, ale že je výrazem něčeho, co spočívá hlouběji. Z této apriorní teoretické představy vypracoval svůj pokus.
Cíl pokusu: Porovnat změny pro dva odlišné varianty znaku a určit zákonitost, podle níž se tyto varianty znaku vyskytují, všeobecně platný zákon vzniku hybridů.
"Spojí-li se oplozením dvě rostliny, které se trvale liší v jednom nebo více znacích, pak přecházejí, jak četné pokusy dokazují, společné znaky beze změny na míšence i jejich potomky; každé dva znaky odlišné na míšenci spojují se ve znak nový, který obyčejně na jejich potomstvu je podroben vždy týmž proměnám. Úkolem pokusu bylo pozorovati tyto změny vždy pro dva odlišující znaky a vyšetřiti zákon, podle něhož tyto v generacích po sobě se vyskytují. Ten se tedy skládá z právě tolika pokusů jednotlivých, kolik se na pokusných rostlinách vyskytuje znaků trvale odlišných."
Čistota pokusného materiálu: Nejdříve musel prokázat, že jednotlivé odrůdy hrachu jsou "čisté". Vybíral z 34 různých odrůd hrachu. Mendel nespoléhal na označení od obchodníků a zvolené odrůdy pěstoval izolovaně tak dlouho, dokud nevykazovaly žádné rozdílné znaky. Systematickým pěstováním se mu za dva roky podařilo získat čisté linie hrachů.
Sledované znaky: Mendel pracoval se sedmi znaky, viditelnými rysy, které se vyskytují v kontrastních (odlišitelných) formách (dominantní a recesivní).
Pěstování rostlin: Většinu pěstoval na zahradních záhonech, malou část v květináčích (kontrolní rostliny) ve skleníku v době kvetení.
Metody rozmnožování rostlin: Jako hlavní metodu používal křížení (hybridizaci) a umělé oplodňování. Mendel křížil vždy takové rostliny, které se trvale lišily v jednom nebo více znacích, vypěstoval potomstvo a počítal, s jakou četností a v jakých kombinacích se rodičovské znaky objeví u potomků. Měl také kontrolní rostliny. Ve všech pokusech prováděl reciproká křížení. Musel také hlídat rostliny od nechtěného opylování hmyzem (Mendel uvádí jak "hlavního" škůdce brouka Bruchus pisi).
Evidence výsledků: V roce 1856 začal Mendel provádět hlavní pokus umělého oplodňování mnoha rostlin. Pečlivě a přesně zapisoval veškeré výsledky (sledoval přes 28 000 rostlin!; podrobně vyšetřoval 10 000 rostlin). Tento postup využívaný fyzikou či chemií použil jako první v biologii. Dosud se také v biologii popisovaly jen jednotlivé části živých organizmů, Mendel sledoval rostlinu jako ucelenou bytost. Svou hypotézu položil tak, aby získal jen konkrétní odpověď, jak tomu bylo u fyzikálních pokusů.
Matematické vyhodnocení: V jeho práci se dále objevují matematické a statistické výrazy. Stejný postup využívá i současná genetika, rozdíl je jen v tom, že jej Mendel prováděl před 150 lety.
Vztah mezi geny, chromozomy a dělením buňky nepřímo objevil Mendel. Zde je v grafickém provedení!
Využití teorie pravděpodobnosti v genetice
Analýza rodokmenů - její podstata
