O kompenzaci hovoříme tehdy, kdy se dva geny, které samostatně podmiňují určitou vlastnost, ale opačného charakteru, se při setkání v jednom genotypu navzájem vyrovnají. Přítomnost dominantních alel obou lokusů se vyrovnávají protichůdně působící účinky. Jedná se o vzácnou interakci.
Příklad:
Kompenzace byla popsána u tvaru lusku hrachu. Dominantní alela genu V způsobuje ohnutí lusku směrem nahoru, naopak dominantní alela genu D způsobuje ohnutí hrachového lusku směrem dolů.
| P | VVdd (nahoru) x vvDD (dolů) | |
| GP | Vd | vD |
| F1 | VvDd (rovný) | |
| GF1 | VD, Vd, vD, vd |
|
| F2 | VD | Vd | vD | vd |
| VD | VVDD rovný | VVDd rovný | VvDD rovný | VvDd rovný |
| Vd | VVDd rovný | VVdd nahoru | VvDd rovný | Vvdd nahoru |
| vD | VvDD rovný | VvDd rovný | vvDD dolů | vvDd dolů |
| vd | VvDd rovný | Vvdd nahoru | vvDd dolů | vvdd rovný |
kompenzace
genotypový štěpný poměr – 1 : 2 : 1 : 2 : 4 : 2 : 1 : 2 : 1
fenotypový štěpný poměr – 10 : 3 : 3
Testovací křížení F1 x recesivní homozygot: VvDd x vvdd
| FB | VD | Vd | vD | vd |
| vd | VvDd rovný | Vvdd nahoru | vvDd dolů | vvdd rovný |
fenotypový štěpný poměr 2 : 1 : 1
