| Základní strukturní hmotou chromozomů eukaryotických organizmů tvoří chromatin složený z DNA, histonů a nehistonových bílkovin. Podle intenzity zabarvení zásaditými barvivy, stupně spiralizace a genetické aktivity se chromatin rozlišuje na euchromatin a heterochromatin. Euchromatin se barví méně intenzivně a je méně spiralizovaný. Geny v euchromatinu jsou v interfázi aktivní. Naopak heterochromatin se barví intenzivněji, je více spiralizované a geny jsou inaktivní. Tento chromatin se nachází hlavně v oblastech centromery a na telomerách. Některé úseky heterochromatinu se mohou v určitém vývojovém stupni buňky nebo organizmu stát aktivním euchromatinem, pak se hovoří o fakultativním heterochromatinu. |  |
Základní organizační jednotkou chromatinu je nukleozom, který se skládá z histonového jádra (oktamer histonů H2A, H2B, H3 a H4) obtočené DNA (146 bp). Jednotlivá jádra jsou propojena pomocí histonů H1, které např. chrání DNA před enzymatickým štěpením. Velikost nukleozomu je 10 – 11 nm. Další spiralizací vzniká struktura solenoid (25 – 30 nm) a tzv. proteinové lešení (cca 60 nm). Vyšší úrovní spiralizace jsou chromatidy kompaktního metafázového chromozomu.
